ゲノムやアミノ酸配列、プライマーなど調べるにも英語のサイトばっかりで難しいですよね。でも少しの単語をおさえておくだけでデータベースはちゃんと使いこなせるようになります!
遺伝子の塩基配列を調べる方法はいくつかありますが、今回は分裂酵母のデータベースであるPomBaseを例に塩基配列の調べ方を解説します。
調べたい生物のデータベースを探そう
調べたい生物の学名+gene または database で検索
分裂酵母の学名:Schizosaccharomyces pombe
遺伝子:gene
データベース:database
検索上位をクリックし、Search (検索)で任意の遺伝子を記入できそうなサイトなら当たり。
PomBase
↓リンク貼っておきます。
STEP①:任意の遺伝子名を記入
右上の「Search… 」に任意の遺伝子名を記入します。今回は例として「aah2」と記入します。
サイトによってはSearch(検索)の代わりにSubmit(提出)をクリックする場合があります。
STEP②:Sequenceをクリック
「Sequence」は配列という意味です。ここをクリックすると配列の掲載されたページに飛びます。
STEP③:Show nucleotide sequenceをクリック
何も触っていない状態ではアミノ酸配列が表示されているので、③の□Show nucleotide sequenceの□をクリックして塩基配列に切り替えます。これでエキソンのみが表示された塩基配列が表示されます。
塩基配列GET!
これでエキソンのみの塩基配列が表示されました。
おまけ:イントロンを表示させたい
何も触っていないとExsons(エキソン)にだけチェックが付いていますが④ここで下のIntronsにチェックを入れるとイントロンも表示されるようになります。
おまけ:配列の長さも載ってる
分かりにくいですが、アミノ酸配列、塩基配列それぞれのヌクレオチドの長さ(base pair:bp)も載っています。
「length:1746」のところに注目!この場合は1746bpです。因みにその次の「includes:exons」で要素もわかります。(これはエキソンのみを表示したものです。)
他にも色々できるサイトですが、今回は最低限の使い方説明でした。おわり!
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