【図説】遺伝子の塩基配列の調べ方を解説します【PomBase】

生物系向け

遺伝子の塩基配列を調べる方法はいくつかありますが、今回はPomBaseを使っての塩基配列の調べ方を説明します。

PomBase

↓リンク貼っておきます。

Pombase
PomBase is a comprehensive database for the fission yeast Schizosaccharomyces pombe, providing structural and functional annotation, literature curation and acc

STEP①:任意の遺伝子名を記入

右上の「Seach…   」に任意の遺伝子名を記入します。今回は例として「aah2」と記入します。

STEP②:Sequenceをクリック

「Sequence」は配列という意味です。ここをクリックすると配列の掲載されたページに飛びます。

STEP③:Show nucleotide sequenceをクリック

何も触っていない状態ではアミノ酸配列が表示されているので、③の□Show nucleotide sequenceの□をクリックして塩基配列に切り替えます。これでエキソンのみが表示された塩基配列が表示されます。

塩基配列GET!

これでエキソンのみの塩基配列が表示されました。

おまけ:イントロンを表示させたい

何も触っていないとExsons(エキソン)にだけチェックが付いていますが④ここで下のIntronsにチェックを入れるとイントロンも表示されるようになります。

おまけ:配列の長さも載ってる

分かりにくいですが、アミノ酸配列、塩基配列それぞれのヌクレオチドの長さ(base pair:bp)も載っています。

「length:1746」のところに注目!この場合は1746bpです。因みにその次の「includes:exons」で要素もわかります。(これはエキソンのみを表示したものです。)

他にも色々できるサイトですが、今回は最低限の使い方説明でした。おわり!

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