簡単にできるプライマー設計の方法【ApE】

フリー塩基配列編集ソフトのA plasmid Editor(ApE)を用いたプライマー設計のやり方を解説します。

ApEのダウンロードはこちら

ApEのダウンロード方法、立ち上げ方については↓こちらの記事で解説しています。

塩基配列の相同性の調べ方【ApE】

フリー塩基配列編集ソフトのA plasmid Editor(ApE)の使い方、ApEを用いたDNA塩基配列の相同性の検索(シークエンスアラインメント)方法を解説します。簡単にできるので是非使ってみて

rikejyo.com

任意の配列をペースト

PCRで増やしたい配列を含んだ塩基配列を白枠部分にペーストします。(右クリック→Paste)

↓

次に、Tools→Find Primers…の順にクリックします。

下記の画面が出てくるので、作りたいプライマーの条件を記入し、最下部のOKを押します。

Minimum：最小値

Maximum：最大値

Length：プライマーの長さ

Tm：Tm値

%GC：プライマー中のGCの含量(45-60でOK)

GC clamp：5‘末端(3’末端)から5塩基の内に含まれるGCの数←1か2が適当

Consecutive bases：連続する塩基の数　例)AAA、GGG

Orientation：5’→3’または3’→5’の切り替え(F/R切り替え)

設計のポイントは、タカラバイオのHPが参考になります。

プライマー設計のページ|タカラバイオ

OKを押すと、条件を満たすプライマーの配列が表示されます。

あとはコピペして注文すればOK！