塩基配列の相同性の調べ方【ApE】

フリー塩基配列編集ソフトのA plasmid Editor(ApE)の使い方、ApEを用いたDNA塩基配列の相同性の検索(シークエンスアラインメント)方法を解説します。簡単にできるので是非使ってみて下さい。

※相同性の検索とは、異なる塩基配列に共通の塩基配列が含まれているかを調べる事を言います。

ApEをダウンロード

ApEのダウンロードはこちら

リンクをクリックすると、以下のページに飛びます。Macユーザーは左、Windowsユーザーは右の赤枠で示した部分をダブルクリックしてダウンロードして下さい。

ダウンロードが済むと以下のファイルが入っているので、ダブルクリックで開きます。※PCにファイルを開くのを拒まれますが、続行して頂いて大丈夫です。

ファイルを開くと以下のウインドウが開くので、最下部のOKをクリックします。

以下のウインドが出てきたら準備完了です。

PCによってはかなり文字が小さく表示されることがあります。ApE内ではフォントサイズの変更が出来ないので、PCのフォントサイズを変更して対応して下さい。

相同性の検索

白枠部分に任意の配列をペーストします。

↓

次に左上のFile→Newの順でクリックすると、新しいウインドウ：New_DNA(1)が開きます。

↓

新しく開いたNew_DNA(1)に相同性を調べたい塩基配列をペーストします。(元の塩基配列をペーストしたNew_DNAは閉じずにそのままにしておく。)

Tools→Align Sequences…の順でクリックします。

以下の画面が出てくるので、比較したいウインドウである、New_DNAをクリックし、最下部のOKをクリックします。

元のDNAと一致した場所が表示されます。

注意

以下の画像のように、塩基配列にカーソルを合わせると何番目か表示されますが、一番最初が“2”なので何番目かを記録する際は表示された数字＋1するようにして下さい。